Analisi transcriptomica associata alla produzione di beta-carotene in cassava


Analisi transcriptomica associata alla produzione di beta-carotene in cassava

di tatiana melissa ovalle fiume

Astratto

La malnutrizione colpisce milioni di persone, principalmente perché i raccolti critici per la sicurezza alimentare contengono bassi livelli di micronutrienti. La Cassava (Manihot Esculenta CRANTZ) è il cibo di base di oltre 500 milioni di persone e programmi di miglioramento si sono concentrati sull’aumento dei livelli di B-Carotene a radici. Per supportare i processi di miglioramento, l’obiettivo di questo lavoro era identificare l’espressione e capire che la proporzione del genoma è attivata nell’elevata produzione di questo composto. Per questo, sei genotipi di una famiglia di segregazione, e i due genitori sono stati scelti per svolgere il sequenziamento dell’RNA. La piattaforma bioinformatica per questo studio inclusa: mappatura con Hisat2, assemblaggio del trascrittoma con stringhie, quantificazione dell’espressione con Kallisto, espressione differenziale con Diseq2 e Degreport per mostrare i risultati. Infine, l’annotazione, la funzione e la regolamentazione sono stati ottenuti dal portale Plantregmap. I risultati ottenuti hanno dimostrato che le regioni del genoma che sono eccessivamente espresse durante l’accumulo di B-Carotene sono legate alla risposta allo stress per calore, per temperatura e intensità della luce e se non accumulato B-carotene ci sono una diversità di attivo Percorsi di sintesi in cui si distingue la sintesi degli steroli. Inoltre, sono stati identificati 3 geni regolamentari nel trascrittomaggio della radice e 42 geni per il trascrittoma del foglio. L’uso delle informazioni generate in questo studio presenta implicazioni multiple per il programma di miglioramento e migliora la comprensione dell’accumulo di B-carotene presso le radici Yuca. Il Maltore colpisce i milioni di persone, principale a causa del critico di ELS Cultius per alimentaria Securetat Connetti i leviglie di Baixos di micronutrienti. YUCA (MANIHOT ESCULENTA CRANTZ) Él L’ALIMENTO BÀSSIC DI MÉS DI 500 milioni di persone e programmi ELS di Millanorament S’Han Encocat Aumentare i livelli di Els B-Carotene a Les Arrass. Amb La finalità dei processi di ricolllo els di Millanorament, L’Objectiu D’Aquest Treball è composto da identificazione L’espressió che capisco che proporzionato dal genoma s’activa nel compost elevato di produzione d’acquast. Per A Això, Sis Genotips D’A Familia De Segregazione, I Els Due progenitori Es Van Esolito per Dur A Terme La Seqüención del RNA. La piattaforma bioinformatica per AQUEST ESTUDI VA INCLUSORE: Mapatge Amb Hisat2, assemblatge of Transcriptoma Amb Stringtie, quantificazione di L’Expressó Amb Kallisto, espresso differenziale AMBSQ2 I Degregort per mostra risultati ELS. Infine, l’anotació, la funzione e la regolazione ottengono dal portale Plantregmap. Els Risultati Obtiguts Van Mostra che le regioni di Les Genome che Sober Express Durant L’Accumulació de B-Carotene sono relazioni Amb formatta lo stress per calore per temperatura Inteitat Inteitat I in CAS di No Accumulation-Be B-Carotene è presente un diversitat attivo I solchi di sintesi in Quali Estums evidenzia il sintesi degli steroli. Additional 3 Gens Gens Regulatory saranno identificati nella trascrizione Transcriptome D’Arrim I 42 Gens Pel Transcriptoma de Fulla. Gli Stati Uniti delle informazioni generate in Acquast Estudi presenta molteplici implicazioni per il programma Milora, è stato compreso da L’Cumulació del B-Carotene in L’ARrels di Yucca.Malnutrizione colpisce migliaia di milioni di persone nel mondo, a causa di Le colture critiche alla sicurezza alimentare contengono bassi livelli di micronutrienti. Cassava (Manihot Esculenta Crantz) è il cibo di base di oltre 500 milioni di persone nel mondo e i programmi di riproduzione sono stati focalizzati nell’aumentare il livello di carente a base di radici. Per supportare i processori riproduttori, questa ricerca mirava a identificare espressione differenziale nei genotipi con lecci diversi di Wingene in radici e comprendere quale proporzione del genoma è attivata durante un’elevata produzione di questo composto. Per realizzare questo obiettivo, sei genotipi da una famiglia segregata e due genitori sono stati scelti per condurre sequenziamento dell’RNA. La pipeline Bioinformatica per questa ricerca includeva: Hisat per la mappatura, Stringtie per il montaggio Transcriptome, Kallisto per quantificazione dell’espressione, analisi dell’espressione espenziale e decompressione per ottenere la visualizzazione grafica dei risultati. L’annotazione, la funzione e la regolamentazione sono stati ottenuti da Plantregmap. I risultati hanno mostrato che sopra le regioni del genomia espressero duranteInoltre, tre geni del regolatore sono stati identificati nel trascrittomatore di radice e 42 geni nel trascrittoma del foglio. L’impatto delle informazioni di questa ricerca ha diverse implicazioni per il programma di riproduzione della cassava e migliorano la comprensione dell’accumulo di ¿-carotene nelle radici della cassava

Argomenti: RNA-Seq, Bioinformatica, BETA-carotene, RNA- Seq, Bioinformàtica, Betacarotè, RNA-Seq, Bioinformática, Betacaroteno, Bioinformatica – TFM, Bioinformàtica – TFM, Bioinformática – TFM
Casa editrice: Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
Anno: 2018
Identificatore OAI: OAI: OpenAccess.Uoc.edu: 10609/83085
Fornito da: The Oberta in Accesso aperto

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Spiacenti, non siamo in grado di fornire il testo completo ma potresti trovarlo nella seguente posizione:

  • http://hdl.handle.net/10609/83 … (collegamento esterno)

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