Análise transcriptomica asociada á produción de beta-caroteno en Cassava


Análise transcriptomic asociada á produción de betacaroteno en Cassava

por Tatiana Melissa Ovalle Rivera

Abstract

A desnutrición afecta a millóns de persoas, principalmente porque as culturas críticas para a seguridade alimentaria conteñen baixos niveis de micronutrientes. A mandioca (manihot esculenta crantz) é o alimento básico de máis de 500 millóns de persoas e programas de mellora centráronse en aumentar os niveis de b-caroteno en raíces. Para apoiar os procesos de mellora, o obxectivo deste traballo foi identificar a expresión e comprender que a proporción do xenoma está activada na alta produción deste composto. Para iso, seis xenotipos dunha familia de segregación e os dous pais foron elixidos para realizar a secuenciación de ARN. A plataforma bioinformática deste estudo incluíu: mapeamento con Hisat2, montaxe de transcriptivo con Stringtie, cuantificación de expresión con Kallisto, expresión diferencial con Diseq2 e degruparse para mostrar os resultados. Finalmente, a anotación, función e regulación obtívose do portal PlantregMap. Os resultados obtidos demostraron que as rexións do xenoma que están expresadas durante a acumulación de b-caroteno están relacionadas coa resposta ao estrés por calor, por temperatura e intensidade de luz e, se non acumulan a b-caroteno, hai unha diversidade activa Rutas de síntese nas que destaca a síntese de esteroles. Adicionalmente, 3 xenes regulamentarios foron identificados na raíz Transcriptome e 42 xenes para a folla transcriptome. O uso da información xerada neste estudo presenta múltiples implicacións para o programa de mellora e mellora a comprensión da acumulación de b-caroteno na Yuca Roots.The Maltore afecta a millóns de persoas, directamente debido a Els Cultius críticos por ata o Alimentària Securetat Conecta Baixos Levells de micronutrientes. Yuca (Manihot Esculenta Crantz) Él l’Aliment Bàssic de Més de 500 millóns de persoas e programas de Millonamento S’han Encocat Augment Els Niveis B-Caroteno en Les Arrras. AB A finalidade dos procesos de recolución de Els por Milloramento, L’Objectiu d’Aquest Treball está composto por identificar a L’Expressió que entendo que proporcione a partir do xenoma s’activa na produción elevada d’aquest compost. PER A AIXò, SIS GENOTIPS D’A FAMILIA DE SEGREGATION, I ELS DOS DOS PROGENITORIDADES ES VAN ESCOLIR POR A TERRE A SEQUENCION DEL ARN. A plataforma bioinformática por aquest Estudi va inclUETE: MAPATGE AMB HIST2, ASSEMBLATGE DE TRANSCRIPTOMA AMB STEGTITE, CANTIFICACIÓN DE L’Expressó con KALLISTO, DIFERENCIA DIFERENCIAL AMBSQ2 I Degregar por show Els Resultados. Finalmente, a anotación, a función e a regulación van obter do portal PlantregMap. Els resultaron obtiguts van demostración que lles rexións xeniais que sobrio expresan durante L’acumulació de b-caroteno son relacións con estruturas para o estrés por calor, por temperatura i luminosa entidade i en CAS de ningún acumulado-ser b-caroteno está presente unha diversidade activa As rutas de síntese en estacións de calidade destacan a síntese de esteroles. Addaliment 3 Gens Regulatory será identificadores no transcriptome d’Arm i 42 Gens Pel Transcriptoma de Fulla. L’EEUU da información xerada en Aquest Estudi presenta múltiples implicacións por parte do programa Millora, entendeu por L’cumulació do B-Carotene en L’Arrels de Yucca. Malnutrición afecta a miles de millóns de persoas no mundo, por mor de Os cultivos críticos á seguridade alimentaria conteñen baixos niveis de micronutrientes. Cassava (Manihot Esculenta Crantz) é a comida básica de máis de 500 millóns de persoas no mundo e os programas de reprodución foron enfocados a aumentar o nivel de portoteno en raíces. Para apoiar os procesadores de reprodución, esta investigación ten como obxectivo identificar a expresión diferencial en xenotipos con diferentes leeles de watenene en raíces e comprender que proporción do xenoma está activada durante a alta produción deste composto. Para lograr este obxectivo, seis xenotipos dunha familia segregante e dous parentes foron elixidos para realizar secuenciación de ARN. O gasoduto Bioinformática para esta investigación incluíu: Hisat para mapear, Stringtie para a Asemblea Transcriptome, Kallisto para a cuantificación de expresión, a análise da expresión expirencial e degruparse para obter a vista gráfica dos resultados. A anotación, función e regulación obtívose a partir de PlanTregMap. Os resultados mostraron que máis expresas rexións do xenoma duranteAdicionalmente, tres xenes reguladores identificáronse na raíz Transcriptome e 42 xenes na folla transcriptome. O impacto da información desta investigación ten varias implicacións para o programa de reprodución de mandioca e mellorar a comprensión da acumulación decaroteno nas raíces de Cassava

Temas: ARN-Seq, bioinformática, beta-caroteno, RNA- seq, bioinformática, betacarotè, rna-seq, bioinformática, betacaroteno, bioinformática – TFM, bioinformática – TFM, bioinformática – tfm
editor: Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
Ano: 2018
OAI Identificier: OAI: OpenAccess.UOC.Edu: 10609/83085
Proporcionado por: The Oberta in Open Access

Descargar PDF:
Sentímolo, non podemos proporcionar o texto completo, pero pode atopalo na seguinte localización (s):

  • http://hdl.handle.net/10609/83 … (ligazón externa)

    Leave a Comment

    O teu enderezo electrónico non se publicará Os campos obrigatorios están marcados con *